Auf Anregung des früheren Französischen Botschafters Claude Martin wurde die Académie de Berlin im Juni 2006 bei einer Zusammenkunft in der Französischen Botschaft in Berlin ins Leben gerufen.

Die Académie de Berlin ist seit Januar 2015 ein eingetragener gemeinnütziger Verein. Présidente ist Professor Dr. Gesine Schwan.
Als Président d’Honneur saß der ehemalige Bundespräsident Richard von Weizsäcker der Versammlung seit ihrer Gründung 2006 bis zu seinem Tod 2015 vor.

Als Protecteur de l’Académie de Berlin fungiert der jeweilige Französische Botschafter oder die Botschafterin (zurzeit Anne-Marie Descôtes). Der Secrétaire perpétuel Ulrich Wickert übernimmt die Koordination.